A EBMI nasce do interesse dos cientistas por um campo favorável para a investigação científica. Em 1909 jornais europeus noticiaram sobre a existência de duas ilhas paradisíacas no Índico, ilhas da Inhaca e dos Portugueses, devido à sua riqueza em biodiversidade. Desde 1921 que docentes e estudantes da Universidade de Witwatersrand (Wits) da Africa do Sul vêm à Inhaca. Nessas campanhas utilizaram tendas por falta de alojamento.

Perante estes factos, o Prof Dr Aurélio Quintanilha apresentou em 1947 a necessidade de se construir uma Estação para assistir à investigação na Inhaca, tendo a ideia sido apoiada pelo Prof  Dr Van der Horst da Universidade de Wits e posteriorimente aprovada pelo governo Português.

As obras foram feitas entre 1948-51. Em 1965 foram criadas as Reservas Florestais e Marinhas da Inhaca e foram entregues à Estação de Biologia Marítima da Inhaca para gestão. Em 1976 foram demarcadas as Reservas Florestais pela  DINAGECA.

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